Berlicki Lab

[EN] And here is another paper published by Prof. Kowalczyk’s group, in collaboration with scientists from our university, this time in Bioorganic Chemistry (Elsevier). The study focuses on the use of chiral diamine ligands to enhance the photodynamic inactivation of Gram-negative bacteria, combining organic synthesis with microbiological and photodynamic studies. This interdisciplinary research highlights the potential of combining synthetic chemistry and photodynamic approaches to develop more effective strategies against bacterial pathogens. Congratulations to all the authors!

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0045206826007388?via%3Dihub

[PL] A oto kolejna publikacja zespołu prof. Kowalczyka przygotowana we współpracy z naukowcami z naszej uczelni, tym razem opublikowana w czasopiśmie Bioorganic Chemistry (Elsevier). Praca dotyczy wykorzystania chiralnych ligandów diaminowych w celu zwiększenia skuteczności fotodynamicznej inaktywacji bakterii Gram-ujemnych, łącząc syntezę organiczną z badaniami mikrobiologicznymi i fotodynamicznymi. To interdyscyplinarne badanie pokazuje potencjał połączenia chemii syntetycznej i metod fotodynamicznych w poszukiwaniu skuteczniejszych strategii zwalczania patogenów bakteryjnych. Gratulujemy wszystkim autorom!

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0045206826007388?via%3Dihub

[EN] An interdisciplinary study by Prof. Rafał Kowalczyk and MSc Eng. Bartosz Turek has been published in Organic & Biomolecular Chemistry (Royal Society of Chemistry), bringing together synthetic chemistry, biotechnology, and microbiology. The study presents a new stereoselective bioreduction using the fungus Aspergillus japonicus DSM 104286, enabling the synthesis of (R)-4-phenyl-4,5,6,7-tetrahydrothieno[3,2-c]pyridine as a single enantiomer in high yield. The authors also demonstrate how cultivation conditions and fungal metabolism can influence the course and selectivity of the biotransformation, highlighting the potential of microorganisms as efficient tools in asymmetric synthesis.

https://pubs.rsc.org/ob/article/24/30/6228/1280534/Fungal-enzymatic-systems-in-the-efficient

[PL] W czasopiśmie Organic & Biomolecular Chemistry (Royal Society of Chemistry) ukazała się interdyscyplinarna publikacja prof. Rafała Kowalczyka i mgr. inż. Bartosza Turka, łącząca chemię syntetyczną, biotechnologię i mikrobiologię. W pracy przedstawiono nową metodę stereoselektywnej bioredukcji z wykorzystaniem grzyba Aspergillus japonicus DSM 104286, umożliwiającą otrzymanie (R)-4-fenylo-4,5,6,7-tetrahydrotieno[3,2-c]pirydyny jako pojedynczego enancjomeru z wysoką wydajnością. Badania pokazują również, w jaki sposób warunki hodowli oraz metabolizm grzyba wpływają na przebieg i selektywność biotransformacji, podkreślając potencjał mikroorganizmów jako efektywnych narzędzi w syntezie asymetrycznej.

https://pubs.rsc.org/ob/article/24/30/6228/1280534/Fungal-enzymatic-systems-in-the-efficient

[EN] We are proud to announce that Dr. Mateusz Sowiński has been awarded PLN 760,987 under the SONATINA 10 programme of the National Science Centre (NCN) to carry out the project “Enantioselective oxidation reactions catalysed by nitroxide miniproteins.” The project aims to develop innovative biocatalysts that combine the unique properties of miniproteins with stable nitroxide radicals. The resulting systems will enable the efficient and selective conversion of alcohols into valuable chiral compounds, with potential applications in the synthesis of pharmaceuticals and crop protection products. An important component of the project is also the development of international scientific collaboration. Dr. Mateusz Sowiński will undertake a six-month research internship at Stanford University (USA) in the group of Prof. Song Lin. This research stay will provide an opportunity to combine biocatalysis and electrocatalysis and to develop new, more sustainable approaches to organic synthesis. Congratulations!

[PL] Z dumą informujemy, że dr inż. Mateusz Sowiński otrzymał 760 987 zł w ramach grantu SONATINA 10 Narodowe Centrum Nauki na realizację projektu „Enancjoselektywne reakcje utleniania katalizowane przez minibiałka nitroksylowe”. Celem zaplanowanych badań jest opracowanie innowacyjnych biokatalizatorów, łączących unikalne właściwości minibiałek ze stabilnymi rodnikami nitroksylowymi. Otrzymane układy pozwolą na wydajne i selektywne przekształcanie alkoholi w wartościowe związki chiralne, z potencjałem zastosowania m.in. w syntezie leków i środków ochrony roślin. Ważnym elementem projektu jest również rozwój współpracy międzynarodowej. Dr inż. Mateusz Sowiński odbędzie 6-miesięczny staż na Stanford University (USA) w zespole prof. Song Lina. Pobyt umożliwi połączenie biokatalizy i elektrokatalizy oraz rozwój nowych, bardziej zrównoważonych metod syntezy organicznej. Serdecznie gratulujemy!

[EN] We are pleased to announce that Dr. hab. Monika Szefczyk has joined the Editorial Board of the newly launched scientific journal Peptide Horizons (PH). Peptide Horizons is an international, peer-reviewed journal dedicated to advancing peptide research and its applications across chemistry, biology, medicine, biotechnology, and materials science. Learn more here:

https://www.sciltp.com/journals/ph

[PL] Z przyjemnością informujemy, że dr hab. Monika Szefczyk dołączyła do grona członków Rady Redakcyjnej nowo powstałego czasopisma naukowego Peptide Horizons (PH). Peptide Horizons to międzynarodowe, recenzowane czasopismo poświęcone rozwojowi badań nad peptydami oraz ich zastosowaniom w chemii, biologii, medycynie, biotechnologii i nauce o materiałach. Więcej informacji można znaleźć tutaj:

https://www.sciltp.com/journals/ph

[EN] JUST PUBLISHED!!! Urease activity and the ability to form biofilm act as virulence factors in numerous pathogens, such as Proteus mirabilis or Helicobacter pylori. In the published study, we present a set of synthesized thiazolyl compounds that combine antiureolytic and antimicrobial (including towards biofilms) activity. Docking studies of the most active compound in the active site of S. pasteurii urease have further confirmed the hypothesized significance of His222 in the process of substrate binding. We invite you to explore our latest research!

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022286026014730

[PL] NOWA PUBLIKACJA!!! Aktywność ureolityczna i zdolność do tworzenia biofilmu to czynniki wirulencji wielu gatunków patogennych takich jak Proteus mirabilis czy Helicobacter pylori. W najnowszej publikacji opisujemy zestaw zsyntetyzowanych pochodnych tiazolilowych łączących aktywność inhibitorów ureaz z właściwościami przeciwdrobnoustrojowymi (również w odniesieniu do biofilmu). Symulacje interakcji najbardziej aktywnego spośród związków w miejscu aktywnym ureazy S. pasteurii potwierdza potencjalnie kluczową rolę reszty His222 w wiązaniu substratu. Zapraszamy do zapoznania się z wynikami naszych najnowszych badań!

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022286026014730

[EN] We are pleased to share that dr. Wojciech Tabor participated in Eurobiofilms 2026, held on 17–20 June 2026 in Guimarães, Portugal. During the conference, he presented the poster: "Antimicrobial and antibiofilm activity of ebselen-based inhibitors of bacterial ureases". The meeting provided an excellent opportunity to discuss the latest advances in biofilm research, antimicrobial strategies, and to exchange ideas with researchers from around the world.

[PL] Z przyjemnością informujemy, że dr Wojciech Tabor uczestniczył w konferencji Eurobiofilms 2026, która odbyła się w dniach 17–20 czerwca 2026 r. w Guimarães (Portugalia). Podczas konferencji zaprezentował poster na temat przeciwbakteryjnej i przeciwbiofilmowej aktywność inhibitorów ureaz bakteryjnych opartych na ebselenie. Konferencja była doskonałą okazją do dyskusji na temat najnowszych osiągnięć w badaniach nad biofilmami, strategii przeciwdrobnoustrojowych oraz wymiany doświadczeń z naukowcami z całego świata.

[EN] Prof. Łukasz Berlicki delivered an invited lecture titled "Miniproteins: design, synthesis, and applications" at the 19th Naples Workshop on Bioactive Peptides, held this June at the University of Naples Federico II. The meeting brought together researchers from around the world to discuss recent developments in peptide science.

[PL] Prof. Łukasz Berlicki wygłosił wykład zaproszony pt. „Miniproteins: design, synthesis, and applications" podczas 19. edycji Naples Workshop on Bioactive Peptides, która odbyła się w czerwcu na Uniwersytecie Federico II w Neapolu. Konferencja zgromadziła naukowców z całego świata, którzy dyskutowali o najnowszych osiągnięciach w nauce o peptydach.

[EN] We would like to welcome a new post-doc researcher – dr. Aditya Upadhyay. He completed his Ph.D. in Chemistry at IISER Bhopal, India, in 2022 under the supervision of Prof. Sangit Kumar. His doctoral research focused on synthesizing multifunctional organoselenide molecules to explore their oxidant/antioxidant properties, as well as isolating 3d-metal seleno complexes (Zn, Cu, Co) for electrocatalytic hydrogen evolution. Following his Ph.D., he joined Prof. Derek A. Pratt’s group at the University of Ottawa as a postdoctoral researcher. There, he designed and synthesized a library of organelle-targeted radical-trapping antioxidants (RTAs) based on phenoxazine and PMC, uncovering how organelle targeting impacts anti-ferroptotic activity.
Currently, dr. Upadhyay’s research focuses on developing miniprotein-based enzyme-like catalysts for amide bond formation. This work aims to enable low-molecular-weight amide synthesis, chemical derivatization, and the ligation of peptides toward the effective synthesis of proteins.
Outside the lab, Aditaya loves exploring the outdoors through hiking, and he is a big fan of sports, both playing and watching cricket and badminton.

[PL] Chcielibyśmy powitać nowego postdoca – dr. Adityę Upadhyaya. W 2022 roku uzyskał stopień doktora nauk chemicznych w IISER Bhopal w Indiach pod kierunkiem prof. Sangita Kumara. Jego praca koncentrowała się na syntezie wielofunkcyjnych cząsteczek organoselenowych w celu zbadania ich właściwości utleniających i przeciwutleniających, a także na izolacji kompleksów selenowych metali z grupy 3d (Zn, Cu, Co) do zastosowań w elektrokatalitycznej ewolucji wodoru. Po ukończeniu doktoratu dołączył jako postdoc do zespołu prof. Dereka A. Pratta na Uniwersytecie Ottawskim. Tam zaprojektował i zsyntetyzował bibliotekę antyoksydantów wychwytujących rodniki (RTA) ukierunkowanych na określone organelle komórkowe, opartych na fenoksazynie i PMC, wykazując, w jaki sposób kierowanie tych związków do organelli wpływa na ich aktywność przeciw ferroptozie.
Obecnie badania dr. Upadhyaya koncentrują się na opracowywaniu katalizatorów przypominających enzymy, opartych na miniproteinach, do tworzenia wiązań amidowych. Celem tych prac jest umożliwienie syntezy amidów o niskiej masie cząsteczkowej, chemicznej derywatyzacji oraz ligacji peptydów, co ma wspierać efektywną syntezę białek.
Poza laboratorium Aditya uwielbia aktywność na świeżym powietrzu, szczególnie piesze wędrówki. Jest także wielkim fanem sportu, zarówno jako zawodnik, jak i kibic, zwłaszcza krykieta i badmintona.

[EN] What if ionic compounds could do more than just be part of a material — what if they could help design how that material works? This is the idea behind OASIS, a new project selected for funding under the OPUS 30 call of the National Science Centre, which will be led by Prof. Joanna Feder-Kubis. The project focuses on exploring organic ionic systems as active building blocks of next-generation porous materials, combining sustainable synthesis, molecular design, and materials engineering. We warmly congratulate Prof. Joanna Feder-Kubis on this outstanding achievement and wish her every success in carrying out the project and achieving its ambitious goals!

[PL] A co, gdyby związki jonowe mogły robić więcej niż tylko stanowić element materiału — gdyby mogły współtworzyć sposób jego działania? Na tej idei opiera się OASIS, nowy projekt zakwalifikowany do finansowania w ramach konkursu OPUS 30 Narodowe Centrum Nauki, który będzie realizowany pod kierownictwem prof. Joanny Feder-Kubis. Projekt jest poświęcony badaniom nad organicznymi systemami jonowymi jako aktywnymi elementami konstrukcyjnymi materiałów porowatych nowej generacji, łącząc zrównoważoną syntezę, projektowanie molekularne oraz inżynierię materiałową. Serdecznie gratulujemy prof. Joannie Feder-Kubis tego wyjątkowego osiągnięcia i życzymy powodzenia oraz wielu sukcesów w realizacji projektu!

[EN] We have a new independent researcher in our group! It is with great pleasure that we announce that Dr. Monika Szefczyk has been awarded the degree of Habilitated Doctor. We warmly congratulate and wish continued success in the research and future academic endeavors.

[PL] Mamy w naszej grupie nowego samodzielnego pracownika naukowego! Z ogromną radością informujemy, że dr Monika Szefczyk uzyskała stopień doktora habilitowanego. Serdecznie gratulujemy i życzymy dalszych sukcesów badawczych.